Predição de risco de falha clínica baseada na detecção de biomarcadores tumorais em câncer de cavidade bucal / Biomarkers analysis for risk prediction of clinical failure in patients diagnosed with oral cavity cancer

INTRODUÇÃO: O carcinoma de células escamosas da cavidade oral (CEC) abrange uma ampla diversidade de células neoplásicas que possuem características moleculares heterogêneas quando expressadas pelo tumor, cuja detecção primária pode se tornar uma ferramenta útil tanto no diagnóstico inicial quanto no prognóstico nos pacientes portadores deste câncer. Os principais biomarcadores tumorais (BmTs) descritos e associados à carcinogênese do câncer de cavidade oral são: p53, p16, Ciclina-D1, EGFR e a E-caderina. OBJETIVO: O objetivo deste estudo foi avaliar o risco de recorrência a partir da detecção dos BmTs p16, p53, E-caderina, Ciclina-D1 e EGFR nos pacientes portadores de CEC submetidos ao tratamento multimodal. MATERIAL E MÉTODOS: Foram selecionados 100 pacientes com diagnóstico de CEC de cavidade oral e submetidos ao tratamento multimodal, os quais foram separados em dois grupos: A) Pacientes com CEC de assoalho de boca; B) Pacientes com CEC de língua, ambos os grupos tratados de forma multimodal. Após seleção foi realizada a análise por imunoistoquímica (IHQ) da expressão dos 05 biomarcadores acima descritos. Da mesma forma, foi realizada a análise dos dados demográficos e clínicos, além dos critérios morfológicos inerentes ao tumor para determinação dos fatores preditivos e prognósticos independentes. RESULTADOS: Após a análise retrospectiva dos dados da população de estudo, 51 pacientes (51%) apresentaram CEC na região do assoalho de boca e 49 (49%) na língua, com maior proporção de homens do que mulheres (69 % vs. 31%) e com idade maior ou igual a 60 anos (mediana: 62 anos/ R: 29-86 anos). A mediana de acompanhamento dos pacientes foi de 28 meses (R: 0-71 meses/média: 26 /DP: +-14,04) e do aparecimento da recorrência foi de 12 meses (mediana: 9 meses/ R: 0-37 meses). A maioria apresentou o estadiamento clínico-patológico inicial I e II (63,6%), pior padrão de infiltração tipo 3-5 (70,5%) e com presença de extensão extracapsular (EEC) (57,5%). Por outro lado, 21 pacientes (21,2%) expressaram p16, 87 (87,9%) a Ciclina-D1, 63 (63%) p53, 53 (53,5%) a E-caderina e 66 (66%) o EGFR. Após aplicação do teste Qui-quadrado foi observada associação estatisticamente significativa entre a expressão do p53 e o sexo (p: 0,01), p53 e tabagismo/etilismo (p: 0,04) e a expressão da E-caderina associada à presença de infiltrado linfoide (p: 0,03). Para análise da Sobrevida Global (SG) foi aplicado o teste de Kaplan Meier, sendo que a média foi de 53 meses (R: 42-61 meses). Na análise da Sobrevida Livre de Doença (SLD) a média foi de 31 meses (R: 27-24 meses). Finalmente, foi realizada a análise multivariada de Cox para cálculo da razão de risco (RR), onde foram observados para o EGFR RR: 4,97 (p: 0,016/R: 1,34-18,30) e a E-caderina RR: 0,294 (p: 0,056/ R: 0.084-1.03). CONCLUSÃO: A expressão de EGFR resultou como potencial biomarcador preditivo de risco de recorrência nos pacientes com CEC de cavidade oral e submetidos à abordagem multimodal, enquanto a E-caderina comportou-se como provável fator protetor contra o risco de recorrência neste mesmo grupo. Contudo, uma avaliação com maior coorte de pacientes se torna necessária para melhor compreensão do papel de outros BmTs, bem como a validação destes resultados na prática clínica.

INTRODUCTION: Oral Squamous Cell Carcinoma (OSCC) is the sixth most common cancer worldwide, characterized by heterogeneous cellular and histological features observed by different molecular parameters. The main biomarkers (BKs) associated with oral cavity tumorigenesis are p53, EGFR, Cyclin-D1, p16 and E-cadherin and their expression is associated with poor prognosis and multiples relapses, besides other histopathological prognostic factors associated to lower rates of overall (OS) and disease-free survival (DFS). OBJECTIVE: This study aims to confirm through histopathological assessment (HP) based on morphological tumor criteria and immunohistochemistry analysis (IHC) of the BKs the association with increased local recurrence in patients diagnosed with OSCC submitted to multimodal treatment at A.C. Camargo Cancer Center. MATERIAL AND METHODS: One hundred patients diagnosed with OSCC submitted to multimodal treatment during 2013-2017 were evaluated and distributed in two groups according to the primary local tumor: A) Patients with OSCC in the floor of the mouth and B) tongue OSCC, both groups treated with only surgery, surgery plus radiotherapy (RT) and/or surgery with RT and chemotherapy. IHC and HP analysis were performed of surgical specimen for detection of these five BKs such as EGFR, p53, E-cadherin, p16 and Cyclin D1. Moreover, after HP for morphological tumor featuring prognostic factors such as clinic-pathological staging, free surgical margins, extracapsular extension of lymph nodes, perineural and angiolymphatic invasion, depth of pattern infiltration were described. Demographic and clinical data were collected, and the nonparameter Chi-square statistical test was performed for determining association between them. OS and DFS rates were calculated using Kaplan Meier test and logRank test for univariate statistical analysis. Cox regression model was done, and the hazard ratio was established for each independent factor to predict clinical failure (p<=0.05). RESULTS: From 100 patients analyzed, 61% were male and 39% female. Regarding local primary tumor, 51% presented OSCC in the floor of the mouth and 49% in the tongue with a mean age of 62 years (R: 29-86). The median of follow-up was 28 months (mean: 26 / SD: +-14,04 / R: 0-71) and the mean of recurrence appearance was 12 months (median: 9/ R: 0-37). Most patients showed an initial stage (I-II) (63.6%), Worst pattern of invasion (WPOI) 3-5 (70.5%), extracapsular extension (EE) (57.5%). Regarding BKs expression, 21.2% p16, 87.9% Cyclin-D1, 63% p53, 53.5% E-cadherin, and 66% EGFR. It was observed a statistically significant association between p53 expression and for both sex (p: 0.01), p53 and smoking/alcohol consumption (p:0.04). E-cadherin was associated with lymph node infiltration (p: 0.03). The median OS was 80% vs 60% in 03 years (R: 42-61; I/II vs. III-IV p: 0.06); for DFS was 50% (p:0.22; I/II vs. III/IV) in 05 years (R: 27-24). Cox regression showed that EGFR expression HR: 4.9 (p: 0.02/ R: 1.34-18.30) and E-cadherin HR: 0.3 (p: 0.06/R: 0.084-1.03) and EE as morphological tumor criteria (HR: 3.68 / p: 0.056 / R: 1.00-13.48) are independent factors for prediction of clinical failure. CONCLUSION: EGFR expression is a potential biomarker for prediction of oral cancer recurrence in patients submitted to multimodal management; however, the loss of E-cadherin expression was considered as a protective factor against OSCC recurrence for this group. Furthermore, longitudinal studies must be performed to validate these results in the clinical practice

Experiencia en el uso de los protocolos Biomed-2 para el estudio de reordenamientos de TCR e inmunoglobulinas en proliferaciones linfoides en el Instituto Nacional de Cancerología, Colombia / Experience with the BIOMED-2 standardized polymerase chain reaction protocol for immunoglobulin and T- cell receptor clonality analysis in the Instituto Nacional de Cancerología, Colombia

Introducción. El consorcio europeo BIOMED-2 se creó para determinar si una población linfoide de difícil clasificación patológica es clonal. En Colombia, la implementación de estas pruebas comenzó en el 2015 en el Instituto Nacional de Cancerología E.S.E. (Bogotá). Objetivos. Determinar el comportamiento de las pruebas de reordenamiento clonal o clonalidad linfoide. y determinar las dificultades de su uso en nuestro medio verificando su adaptación local y los resultados en una serie retrospectiva de casos y consecutiva de proliferaciones linfoides sometidas a los protocolos BIOMED-2. Materiales y métodos. A partir de las historias clínicas, se recolectaron los datos clínicos e histológicos y los resultados de los análisis de los reordenamientos en todos los casos de proliferaciones linfoides sometidas a los protocolos BIOMED-2, entre febrero de 2015 y mayo de 2019. Resultados. Se hallaron 132 casos, de los cuales 47 se clasificaron mediante los protocolos de Biomed-2 como hiperplasias linfoides reactivas, 62 como linfomas T, 19 como linfomas B y 3 como neoplasias linfoides de linaje no establecido. Solo en un caso falló la extracción de ADN. Según estos resultados, la mayor dificultad diagnóstica para el patólogo fue el análisis de los infiltrados linfoides T, la mayoría (44) de los cuales correspondía a lesiones cutáneas. Conclusiones. Las pruebas de clonalidad pueden usarse en tejidos de diversa calidad en nuestro medio como ayuda en el diagnóstico de proliferaciones linfoides de difícil clasificación. Es importante hacerlas e interpretarlas de manera multidisciplinaria y considerar cada caso por separado.

Introduction: The European BIOMED-2 consortium was created to evaluate clonality in lymphoproliferations that are difficult to diagnose. In Colombia, the implementation of these tests began in 2015 at the Instituto Nacional de Cancerología E.S.E., Bogotá. Objectives: To determine the behavior of the rearrangement tests for lymphoid clonality and the difficulties of its implementation in our field through a series of retrospective and consecutive cases of lymphoid proliferation subjected to the BIOMED-2 protocols. Materials and methods: Clinical and histological data and the results of the rearrangement analysis of all cases of lymphoid proliferation subjected to the BIOMED-2 protocols between February 2015 and May 2019 were collected from clinical histories. Results: We recovered 132 samples from which 47 corresponded to reactive lymphoid hyperplasias, 62 to T lymphomas, 19 to B lymphomas, and three to lymphoid neoplasms of unestablished lineage. Only in one case did DNA extraction fail. According to these results, the greatest diagnostic difficulty for the pathologist was the analysis of T lymphoid infiltrates, most of which (44) were skin lesions. Conclusions: Clonality tests can be used in tissues of different quality to help in the diagnosis of lymphoid proliferations that are difficult to classify. It is important to implement and interpret them in an interdisciplinary way considering each case separately.

Enterotoxin-encoding genes in Staphylococcus aureus from buffalo milk / Genes codificadores de enterotoxinas em Staphylococcus aureus no leite de búfalas

This paper investigated the occurrence of Staphylococcus aureus and the detection of enterotoxin-encoding genes of these strains in milk collected from 30 Murrah buffaloes used to produce dairy products in Brazil. A total of 68 strains of Staphylococcus aureus were found as identified by conventional laboratory tests, and thus screened for sea, seb, sec, sed, see, seg, seh and sei enterotoxin-encoding genes by polymerase chain reaction (PCR). Twelve strains containing enterotoxin-amplified genes were found, with higher expression for the sei and seh genes. These results can be attributed to animal health and inadequate cleaning of the equipment, indicating the need for better quality control in animal production and health lines. The results of this study with the presence of pathogens and their enterotoxigenic potential indicate a source of food poisoning, as well as being a pioneering study in the detection of new enterotoxins for buffalo milk.(AU)

Este estudo investigou a ocorrência de isolados de Staphylococcus aureus e a detecção de genes que codificam a enterotoxigenicidade dessas cepas em leite de búfala utilizado na produção de laticínios no Brasil. As amostras foram coletados em 30 búfalos da raça Murrah, identificado por testes laboratoriais convencionais, foram identificados um total de 68 cepas de S. aureus e rastreados para os genes que codificam a enterotoxina sea, seb, sec, sed, see, seg, seh and sei por reação em cadeia da polimerase (PCR). Doze cepas contendo genes da enterotoxina foram amplificadas, com maior expressão para os genes sei e seh. Esses resultados podem ser atribuídos à saúde animal e à higiene inadequada do equipamento, indicando a necessidade de melhor controle de qualidade nas linhas de produção e saúde animal. Os resultados desta pesquisa, com a presença de patógenos e seu potencial enterotoxigênico, indicam uma fonte de intoxicação alimentar, além de ser uma pesquisa pioneira na detecção de novas enterotoxinas para o leite de búfala.(AU)

Complete Colombian Caribbean loggerhead turtle mitochondrial genome: tRNA structure analysis and revisited marine turtle phylogeny / Genoma mitocondrial completo de la tortuga caguama del Caribe colombiano: análisis de la estructura del tRNA y revisión de la filogenia de las tortugas marinas / Genoma mitocondrial de tartaruga-cabeçuda do Caribe colômbiano completo: análise de estrutura de tRNA e filogenia revisada de tartarugas marinhas

Abstract The loggerhead marine turtle, Caretta caretta, is a widely distributed and endangered species that is facing critical population decline, especially in Colombian Caribbean rookeries. Mitochondrial DNA sequence data are of great importance for the description, monitoring, and phylogenetic analyses of migratory turtle populations. In this study, the first full mitochondrial genome of a loggerhead turtle nesting in the Colombian Caribbean was sequenced and analyzed. This mitochondrial genome consists of 16 362 bp with a nucleotide composition of T: 25.7 %, C: 27 %, A: 35 % and G: 12 %. Sequence annotation of the assembled molecule revealed an organization and number of coding and functional units as reported for other vertebrate mitogenomes. This Colombian loggerhead turtle (Cc-AO-C) showed a novel D-Loop haplotype consisting of thirteen new variable sites, sharing 99.2 % sequence identity with the previously reported Caribbean loggerhead CC-A1 D-Loop haplotype. All 13 protein-coding genes in the Cc-AO-C mitogenome were compared and aligned with those from four other loggerhead turtles from different locations (Florida, Greece, Peru, and Hawaii). Eleven of these genes presented moderate genetic diversity levels, and genes COII and ND5 showed the highest diversity, with average numbers of pair-wise differences of 16.6 and 25, respectively. In addition, the first approach related to t-RNAs 2D and 3D structure analysis in this mitogenome was conducted, leading to observed unique features in two tRNAs (tRNATrp and tRNALeu). The marine turtle phylogeny was revisited with the newly generated data. The entire mitogenome provided phylogenetically informative data, as well as individual genes ND5, ND4, and 16S. In conclusion, this study highlights the importance of complete mitogenome data in revealing gene flow processes in natural loggerhead turtle populations, as well as in understanding the evolutionary history of marine turtles.

Resumen La tortuga marina caguama, Caretta caretta, es una especie ampliamente distribuida pero que enfrenta una crítica reducción de su población en las colonias del Caribe colombiano. Los datos de las secuencias de DNA mitocondrial son de gran importancia para la descripción, monitoreo y análisis de la filogenia de las tortugas migratorias. En este estudio se secuenció y analizó por primera vez el genoma mitocondrial completo de la tortuga caguama que anida en el Caribe colombiano. Este genoma tiene un tamaño de 16.362 pb con una composición de nucleótidos de T: 25.7 %, C: 27 %, A: 35 % y G: 12 %. La anotación de la secuencia de la molécula reveló una organización y número de unidades codificantes y funcionales como los reportados para mitogenomas de otros vertebrados. Esta tortuga caguama colombiana (Cc-AO-C) mostró un nuevo haplotipo D-Loop que contiene trece nuevos sitios variables, que comparten el 99.2 % de identidad de secuencia con el haplotipo CC-A1 D-Loop previamente reportado para la tortuga caguama del Caribe. Los trece genes que codifican proteínas en el mitogenoma Cc-AO-C se compararon y alinearon con los de otras cuatro tortugas caguama de distintas localidades (Florida, Grecia, Perú y Hawái). Once de estos genes presentaron niveles moderados de diversidad genética, y los genes COII y ND5 mostraron las diversidades nucleotídicas más altas, con un número promedio de diferencias entre pares de secuencias de 6.6 y 25, respectivamente. Adicionalmente, se llevó a cabo la primera aproximación relacionada con el análisis de la estructura 2D y 3D de t-RNAs en este mitogenoma, lo cual condujo a la observación de características únicas en dos tRNAs (tRNATrp y tRNALeu). La filogenia de las tortugas marinas fue revisada a la luz de la nueva información mitogenómica. El mitogenoma, así como los genes individuales ND5, ND4 y 16S, proporcionan datos filogenéticamente informativos. En conclusión, este estudio resalta la importancia de los datos del mitogenoma para revelar procesos de flujo génico en las poblaciones naturales de tortuga caguama, así como para entender la historia evolutiva de las tortugas marinas.

Resumo A tartaruga marinha Caretta caretta (Cc) é uma espécie amplamente distribuída e ameaçada de extinção que enfrenta um declínio crítico da população, especialmente nas colônias do Caribe colombiano. Marcadores moleculares, como sequências de DNA mitocondrial (mtDNA), são de grande importância para a descrição, monitoramento e análise filogenética de populações migratórias de tartarugas. Este estudo mostra a obtenção e análise do genoma mitocondrial de uma tartaruga-cabeçal Cc aninhada na costa Caribe da Colômbia. O genoma mitocondrial é constituído por 16.362 pb, com uma região não codificante (D-Loop), 13 genes codificadores de proteínas (13 PCG), 22 genes tRNA e 2 rRNA (16S e 12S) e uma frequência nucleotídica de T: 25.7 % , C: 27 %, A: 35 % e G: 12,2 %, todos organizados de forma semelhante à maioria dos mitogenomos de vertebrados. Esta tartaruga Cc colombiana apresentou um novo haplótipo D-Loop com treze sítios polimórficos quando comparado ao haplótipo CC-A1.1 (96 %). Além disso, onze genes codificadores de proteínas entre as tartarugas marinhas de diferentes origens apresentaram uma diversidade genética semelhante, exceto os genes COII e ND5 que apresentaram o maior número médio de diferenças entre pares de seqüências (16.600 e 25.000, respectivamente). Aqui relatase a primeira abordagem relacionada à análise de estruturas 2D e 3D para Cc e descrevese as diferenças em dois tRNAs (tRNATrp, tRNALeu). As inferências bayesianas e os métodos de máxima verossimilhança explicam melhor a filogenia das tartarugas marinhas quando utilizamse mitogenomes completos, assim como os genes ND5, ND4 e 16S. Os genes marcadores ATP8, ND4L e ND1 apresentaram relação filogenética pouco suportada. Como conclusão, este estudo apresenta o uso de mitogenomes completos como uma alternativa para melhorar a análise filogenética em tartarugas marinhas e é a primeira análise genética de mitogenomes completos de nidificação na Colômbia.